« L'objectif des IRSC est d'exceller, selon les critères d'excellence scientifique internationalement reconnus, à créer un nouveau savoir et à l'appliquer pour améliorer la santé des Canadiens et Canadiennes, à concevoir des services et produits de santé plus efficaces et à consolider le système national de santé. »
(Loi créant les IRSC)
Les instituts favoriseront une solide base d'excellence en recherche au Canada et miseront sur celle-ci. Ils mettront à contribution le milieu de la recherche et encourageront la recherche interdisciplinaire et intégrée en matière de santé. Sous la supervision de leurs directeurs scientifiques et du Conseil d'administration, ils travailleront de concert afin de créer un programme de recherche interdisciplinaire, interrégional et intersectoriel en matière de santé. Ce programme englobera les possibilités scientifiques et reflétera les besoins émergents dans le domaine de la santé des Canadiennes et des Canadiens et les besoins d'information des décideurs en politique de santé. Ils faciliteront les partenariats et accéléreront la transformation de nouvelles connaissances en bénéfices pour les Canadiennes et les Canadiens.
Chaque institut inclura de la recherche biomédicale fondamentale, de la recherche clinique, et de la recherche sur les services et systèmes de santé, sur la santé des populations, sur les dimensions sociales et culturelles de la santé et sur les effets de l'environnement sur la santé.