Microbiologie environnementale

Dr Charles Greer
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Le groupe Microbiologie environnementale étudie la microbiologie, la physiologie, la biochimie, la génétique et l'écologie associées à la biodégradation des polluants organiques dans les sols, les sédiments et l'eau. Le groupe travaille sur le développement et l'application de techniques et d'outils moléculaires permettant d'une part d'isoler, de quantifier et d'effectuer le suivi des micro-organismes qui dégradent et convertissent les polluants, et d'autre part, d'analyser la diversité microbienne et la réponse aux stress environnementaux. L'équipe de recherche a développé un protocole complet et multidisciplinaire permettant d'évaluer la capacité initiale de la flore microbienne des sols contaminés à dégrader les contaminants présents. Le groupe a également développé plusieurs sondes moléculaires cataboliques reconnaissant des gènes impliqués dans les voies microbiennes de dégradation d'une multitude de polluants organiques tels que les hydrocarbures pétroliers, les hydrocarbures polycycliques aromatiques, les pesticides et les composés organiques chlorés et nitrés. Ces sondes permettent d'évaluer la capacité d'échantillons environnementaux contaminés et non-contaminés à la bioremédiation. Afin de caractériser la diversité microbienne dans plusieurs environnements contaminés et non-contaminés, des techniques moléculaires ont été développées. Ces techniques sont fondées sur l'utilisation de biopuces pour l'identification taxonomique ou la détection de gènes fonctionnels.

Juck DF, Whissell G, Steven B, Pollard W, McKay CP, Greer CW, Whyte LG (2005) Utilization of Fluorescent Microspheres and a GFP-marked Strain for Assessing Microbiological Integrity of Permafrost and Ground Ice Core Samples from the Canadian High Arctic. Appl. Environ. Microbiol. 71: 1035-1041.

Lawrence JR, Chenier MR, Roy R, Beaumier D, Fortin N, Swerhone GDW, Neu TR, Greer CW (2004) Microscale and Molecular Assessment of the Impacts of Nickel, Nutrients and Oxygen Level on the Structure and Function of River Biofilm Communities. Appl. Environ. Microbiol. 70: 4326-4339.

Greer CW, Fortin N, Roy R, Whyte LG, Lee K (2003) Indigenous Sediment Microbial Activity in Response to Nutrient Enrichment and Plant Growth Following a Controlled Oil Spill on a Freshwater Wetland. Bioremed. J. 7: 69-80.

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