Chimie et biologie computationnelles

Dr Enrico Purisima
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Le groupe Chimie et biologie computationnelles oriente ses recherches et ses ressources vers la création de modèles moléculaires in silico dans le but de comprendre au niveau atomique, les interactions protéine-protéine et protéine-ligand. Le groupe développe et utilise une gamme variée d'outils computationnels allant des simulations moléculaires détaillées s'appuyant sur la physique aux approches bioinformatiques de reconnaissance de motifs et d'extraction de données. Les modèles de solvatation et d'affinité sont étalonnés avec soin puis ensuite appliqués dans la caractérisation des cibles moléculaires importantes comme les protéases à cystéine, les protéases à sérine, les domaines extracellulaires des récepteurs TGF-β, les protéines tyrosine phosphatases, les kinases et les GTPases. L'extraction d'information des banques de données génomiques et l'analyse des réseaux géniques, conjointement avec le développement de logiciels basés sur Internet pour la conception des biopuces à amorces, ainsi que la gestion, l'utilisation, l'analyse et la visualisation des banques de données, font partis des compétences du groupe dans ce domaine en pleine expansion, qu'est la bioinformatique. L'objectif est de mettre au point des modèles de type général de réseaux d'interaction génique à partir de l'analyse bioinformatique découlant des expériences à grande échelle des biopuces et de banques de données biologiques. Toutes ces activités sont intégrées au sein d'une voie de recherche de l'IRB englobant l'identification et la validation de cibles jusqu'à la conception et l'optimisation structurelles de molécules d'intérêt biomédical.

Sulea T, Lindner HA, Purisima EO, Menard R (2005) Deubiquitination, A New Function of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Papain-like Protease? J. Virol. 79: 4550-4551.

Sulea T, Purisima EO (2003) Profiling Charge Complementarity and Selectivity for Binding at the Protein Surface. Biophys. J. 84: 2883-2896.

Chowdhury SF, Sivaraman J, Wang J, Devanathan G, Lachance P, Qi H, Menard R, Lefebvre J, Konishi Y, Cygler M, Sulea T, Purisima EO (2002) Design of Noncovalent Inhibitors of Human Cathepsin L from the 96-residue Proregion to Optimized Tripeptides. J. Med. Chem. 45: 5321-5329.

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