Le CEM assumera le rôle de station principale de commande et de réception des données fournies par le satellite. Toutes les commandes destinées à la plateforme satellitaire et à l'instrumentation ACE seront acheminées à partir du CEM. Le satellite recueillera les données d'occultation produites par l'instrument ACE et les transmettra au CEM. Les données scientifiques brutes seront envoyées, par le biais du CEM, au CES où elles seront validées, étalonnées, analysées et diffusées à l'équipe scientifique ACE qui se chargera de les archiver. Le CEM veillera également au bon fonctionnement et à la sécurité du satellite.

Le Centre d'exploitation scientifique dirigé par Peter Bernath, scientifique de mission, veille à tous les aspects scientifiques de la mission, y compris les activités scientifiques et la gestion des systèmes, et gère les interfaces externes avec le CEM.