Il y a deux groupes consultatifs qui ont des rôles importants au sein de l'ARLA. Ils présentent des conseils et des recommandations stratégiques sur la gestion économique, les politiques et d’autres dossiers liés à la lutte antiparasitaire fédérale.

Le Comité consultatif de gestion économique (CCGE) a été créé en avril 1997. Il est chargé de recommander à la directrice exécutive de l'ARLA des moyens précis visant à améliorer l'efficacité et la rentabilité de l'Agence, sans pour autant nuire à protection de la santé et de l'environnement, et tout en maintenant la compétitivité du secteur.

Le Conseil consultatif de la lutte antiparasitaire (CCLA), créé en novembre 1998, est un groupe multipartite qui favorise la communication et le dialogue entre les intervenants, et avec l'ARLA; il fournit des conseils au ministre de la Santé sur les politiques et les questions d'intérêt concernant le système fédéral de réglementation de la lutte antiparasitaire.