La zone de la Baie d'Hudson couvre une partie de la côte occidentale du Nord québécois, qui s'étend de Pointe Louis-XIV au sud à Pointe Bonissant au nord. Les principaux villages autochtones de cette zone, sont situés sur le littoral: (Whapmagoostui, Kuuijjuarapik, Umiujaq et Inukjak). Le réseau hydrographique, très développé, est constitué de plusieurs lacs et rivières, dont la Grande rivière de la Baleine et la rivière Nastapoca, sont les plus importantes.

La zone de l'estuaire maritime s'étend de Tadoussac à Pointe-des-Monts sur la rive nord du fleuve Saint-Laurent et de Trois-Pistoles à Les Méchins sur la rive sud. Cette partie du fleuve s'étire sur 210 kilomètres, dans un axe sud-ouest/nord-est. Elle borde les MRC des Basques, de Rimouski-Neigette, de La Mitis et de Matane sur la rive sud et celles de La Haute-Côte-Nord et de Manicouagan sur la rive nord. 41 municipalités longent les deux côtés du fleuve; 24 sur la rive sud et 17 sur la rive nord.

La zone de la moyenne Côte-Nord s'étend sur plus de 500 kilomètres, entre Pointe des Monts à l'est et la rivière Natashquan à l'ouest. L'Île d'Anticosti fait également partie de ce territoire.

Sur le plan administratif, la moyenne Côte-Nord comprend trois MRC: (Manicouagan, Sept-Rivières et Minganie), et compte 13 municipalités riveraines, quatre réserves indiennes en plus de l'Île d'Anticosti. Les principales agglomérations urbaines sont: Port-Cartier, Havre-Saint-Pierre et Sept-Îles.

Les principaux tributaires de cette zone sont: la rivière Romaine (296 m3/s), la rivière Natashquan (350 m3/s) et la rivière Moisie (395 m3/s). La majorité des rivières de l'île d'Anticosti présentent de faibles débits, la rivière Jupiter étant la plus importante avec un débit moyen annuel de 15 m3/s.

La zone de la Baie d'Ungava couvre l'ensemble de l'espace marin entre l'Île de Baffin et le nord du Québec, incluant le détroit d'Hudson. Elle s'étend d'est en ouest, du Cap Chideley où sis le village inuit Killiniq marquant la frontière avec Terre-Neuve jusqu'à Pointe Bonissant où sis le village inuit Inukjuak au nord de la Baie d'Hudson. Outre les deux villages mentionnés, le territoire compte plusieurs localités autochtones, dont: Kangiqsualujjuaq, Kuujjuaq, Tasiujuaq, Aupaluk, Kangiqsuk, Quaqtaq, Kangiqsujuaq, Salluit, Ivujivik, Akulivik et Povungnituk. Les principaux tributaires de cette région sont: la rivière George, la rivière à la Baleine, la rivière Caniapiscau, la rivière Koksoak, la rivière aux feuilles, la rivière Arnaud et la rivière Puvurnituk.

La zone de la Baie James est comprise entre les latitudes 50°59'45" et 54°40'30" Nord et les longitudes 75°30' et 81°53'45" Ouest. Elle couvre un territoire, qui s'étend de la frontière avec l'Ontario au sud à la Pointe Louis-XIV au nord. Les principaux villages autochtones de la région sont situé sur le littoral:(Waskaganish, Estmain, Wemindji Mailasikkut et Chisasibi). Plusieurs rivières se jettent dans la Baie James, dont les plus importants sont: la rivière Harricana, la rivière Nottaway, la rivière Broadback, la rivière Rupert, la rivière Opinaca et la Grande rivière.

La zone de la Baie des Chaleurs couvre la zone côtière sud de la péninsule gaspésienne. Elle s'étend de Grande-Rivière à l'est jusqu'à l'embouchure de la rivière Ristigouche à l'Ouest. Les principaux tributaires de la région sont: la rivière Bonaventure, la rivière Cascapédia et la rivière Nouvelle.

La zone de la basse Côte-Nord s'étend sur plus de 500 kilomètres, entre la rivière Natashquan à l'ouest et la frontière du Labrador à l'est. Elle couvre les municipalités de la Côte-Nord-du-Golfe-Saint-Laurent, du Gros-Mécatina, de Saint-Augustin, de Bonne-Espérance et de Blanc-Sablon ainsi que la réserve indienne de La Romaine.

La basse Côte-Nord du Saint-Laurent compte plusieurs tributaires importants dont six possédant des débits annuels moyens de plus de 50 m3/s. La rivière du Petit Mécatina est la plus importante de la région avec un débit moyen annuel de 495 m3/s suivi la rivière Saint-Augustin (180 m3/s) et de la rivière Saint-Paul(140 m3/s).

La zone de l'estuaire moyen s'étend de l'Ange-Gardien à Baie-Sainte-Catherine sur la rive nord du fleuve Saint-Laurent et de Saint-Michel à Trois-Pistoles, sur la rive sud. Ce territoire comprend la partie aval de l'estuaire fluvial caractérisé par des eaux douces à marées et l'ensemble de l'estuaire moyen où se mélangent les eaux douces et les eaux salées.

La zone de la Gaspésie couvre l'ensemble de la côte nord de la péninsule gaspésienne incluant les intrusions d'eau salée jusqu'à concurrence de 5 km à l'intérieur des terres. Elle s'étend d'est en ouest de Sainte-Félicité à Grande-Rivière sur environ 430 km. Outre les deux localités citées plus haut; les principales villes qui longent la côte gaspésienne sont: Capucins, Sainte-Anne-des-Monts, Mont-Louis, Rivière-de-la-Madeleine, Cloridorme, Gaspé et Percé.

La zone des Îles-de-la-Madeleine englobe toutes les îles de l'archipel du même nom et tous les fonds marins de moins de 35 m de profondeur ainsi qu'une partie des fonds de 35 à 55 m de profondeur entourant l'Archipel.

Cette zone est située au centre d'une grande plate-forme littorale d'une profondeur de moins de 100 m (le plateau madelinien), qui occupe toute la partie sud du golfe du Saint-Laurent. L'archipel madelinien est constitué d'affleurements rocheux isolés, couverts de sable et de gravel, et reliés entre eux par des cordons de sable de largeur variable. Des cordons de sable, qui supportent des dunes relativement stabilisées par la végétation et abritent des lagunes et des étangs de la mer.

La zone de l'estuaire fluvial du Saint-Laurent s'allonge sur une distance de 160 km depuis l'extrémité est du lac Saint-Pierre (Pointe-du-Lac) jusqu'à la pointe est de l'île d'Orléans. Ce tronçon du fleuve est caractérisé par un corridor fluvial peu sineux d'une largeur variant entre 3 et 5 km. Entre Pointe-du-Lac et Portneuf, l'estuaire fluvial est caractérisé par un écoulement des eaux douces qui s'effectue vers l'aval sans renversement de courant. En aval de Portneuf, la marée exerce une influence de plus en plus grande jusqu'à Québec, ce qui se traduit par un renversement du courant de marée montante et un effet de mélange accru. Cependant , les eaux demeurent douce jusqu'à l'extrémité est de l'île d'Orléans. Cette dernière, qui est d'ailleurs la seule île d'importance de l'estuaire fluvial, forme avec ses 200 km2 de superficie une obstruction majeure dans le lit central de l'estuaire.

La zone du tronçon fluvial du Saint-Laurent s'étend sur 240 km entre Cornwall (Ontario) et l'exutoire du Lac Saint-Pierre. Il est caractérisé par la présence de rapides, de lacs, d'îles et d'îlots. En aval de Summerstown, il y a un évasement qui marque la tête du lac Saint-François. Atteignant plus de 7 km de largeur dans sa portion aval, ce lac s'étire sur plus de 35 km entre Summerstown et Salaberry-de-Valleyfield. À la sortie du Lac Saint-François, on retrouve un chenal de navigation aux dimension fort respectables, le canal de Beauharnois. Ce dernier est séparé du lac Saint-Pierre par un tronçon de 80 km. Ce secteur du fleuve est parsemé de plus d'une centaine d'îles de toutes tailles dont les plus imposantes sont l'île de Montréal, l'île Jésus, l'île Perrot et l'île Bizzard. La région de Montréal marque également la confluence de la rivière des Outaouais et du Saint-Laurent par le lac des Deux Montagnes, le lac Saint-Louis, la rivière des Prairies et la rivière des Mille îles. Le delta de Sorel, parsemé d'un grand nombre d'îles et d'îlots, se trouve à 50 km en aval de l'île de Montréal. Juste en aval de ce delta, le fleuve s'élargie sur une quarantaine de kilomètres pour former le lac Saint-Pierre. Ce lac, dont la largeur moyenne est de 12 km, marque la limite aval du tronçon fluviale du Saint-Laurent