Dans les années 1850, Logan et le personnel de la Commission assemblèrent la première grande collection canadienne d'échantillons de minéraux jamais montrée au monde. Ils expédièrent en Angleterre un premier envoi qui reçut un accueil enthousiaste des visiteurs de la célèbre Exposition universelle de Londres, en 1851. L'Exposition universelle de Paris, en 1855, donna une nouvelle occasion de porter les vastes richesses minérales du Canada à la connaissance du monde. Les collections de la Commission furent très admirées et, en 1856, Logan reçut l'autorisation de créer, dans des locaux convenables, un musée géologique qui sera ouvert au public à des heures raisonnables..., ce qu'il s'empressa de faire au siège de la Commission, à Montréal.

Les racines des musées nationaux du Canada remontent à la Commission géologique. Le musée mis sur pied par les premiers géologues canadiens au milieu des années 1840 a depuis évolué en trois musées distincts de grande renommée : le Musée national des sciences naturelles, le Musée canadien des civilisations et le Musée national des sciences et de la technologie. On voit ici le musée au centre d'administration de la Commission, à Ottawa, au début du siècle.