La Commission informe d'abord la personne ou l'organisation qu'une plainte a été déposée contre elle. Cette dernière doit alors présenter une réponse dans laquelle elle explique sa version des faits. L'étape suivante du traitement de la plainte varie selon chaque cas.
Dans certains cas, la Commission peut demander au plaignant d’utiliser d’abord une autre voie de recours pour tenter de régler la plainte. Par exemple, le plaignant pourrait peut-être déposer un grief en vertu de sa convention collective ou faire appel d’une décision d’un ministère fédéral en vertu d’une autre loi du Parlement.
Les dossiers sont habituellement transmis aux Services de règlement alternatif des différends, où on examinera si la médiation est possible. La médiation est volontaire et confidentielle et si l’une des parties décide de ne pas y participer ou si elle échoue, le dossier est confié à un enquêteur.
L’enquêteur recueille les renseignements et les éléments de preuve requis pour rédiger un rapport, puis formule une recommandation à l’intention des commissaires. L’enquêteur donne l’occasion au mis en cause de répondre aux allégations. Il peut interroger des témoins et demander au mis en cause et au plaignant de fournir des documents ou des renseignements. Avant que l’enquêteur remette son rapport aux commissaires, les deux parties ont l’occasion d’en prendre connaissance et de présenter des observations. Bien entendu, le plaignant et le mis en cause peuvent également parvenir à un règlement au cours de l’enquête. Si la plainte a été déposée plus d’un an après l’incident discriminatoire ou si elle semble ne pas être du ressort de la Commission, l’agent transmet le dossier aux commissaires. Ces derniers peuvent alors décider de ne pas statuer sur la plainte (c’est-à-dire de ne pas la traiter).
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