Les priorités fondamentales du CTNAA sont : la protection et l'avancement des questions de droits aborigènes, et de fournir de l'assistance et des services aux communautés membres dans les domaines conseils et techniques. Le CTNAA compte présentement neuf (9) employé(e)s à temps plein et fait appel à des employé(e)s à temps partiel ou des professionnel(le)s contractuel(le)s pour aider à rencontrer les besoins spécifiques des communautés membres.

Le conseil d'administration du CTNAA, aussi connu comme le Conseil de la Nation, est composé du chef de chacune des communautés membres, d'un Grand Chef et d'un Vice-grand Chef, d'un représentant(e) des aînés, d'une représentante des femmes et d'un représentant(e) des jeunes. Le CTNAA est l'un des rares organismes autochtones au Canada où tous les représentants sont élus par vote de l'ensemble des membres des communautés participantes.