Qualifiées de «Porte d'entrée du continent » et sises au cœur du Golfe Saint-Laurent, les Iles-de-la-Madeleine dépendent essentiellement du transport maritime pour leurs contacts avec le continent et plus spécifiquement dans leurs activités économiques que sont la pêche, le commerce et le tourisme.

On retrouve aux Iles-de-la-Madeleine l'essentiel des activités de l'Organisation, à l'exception de l'immatriculation des navires qui s'effectue à Montréal ou à Québec, et de la certification des gens de mer , qui est toutefois disponible sur demande particulière. On peut cependant y obtenir l'information de base sur l'ensemble des activités de l'organisation.

Les services disponibles à Cap-aux-Meules sont donc les suivants:

- La certification des navires canadiens
- La prévention et surveillance de la pollution
- L'inspection des navires étrangers sous le contrôle portuaire
- La surveillance du transport des marchandises dangereuses dangereuses
- L'application des mesures de santé et sécurité au travail et l'inspection de l'outillage de chargement.