Dans le cadre de la Stratégie nationale pour la protection des espèces en péril, le gouvernement fédéral a créé le Programme d'intendance de l'habitat (PIH) pour les espèces en péril. Le PIH a commencé ses activités en 2000-2001; il consacre jusqu'à 10 millions $ par année à des projets de conservation et de protection des espèces en péril et de leurs habitats.

Le but général du PIH est de « contribuer au rétablissement des espèces en voie de disparition, menacées et des autres espèces en péril et de prévenir que d'autres espèces deviennent préoccupantes du point de vue de la conservation en faisant participer les Canadiennes et les Canadiens de toutes les couches de la société à des mesures de conservation bénéfiques aux espèces sauvages ».

Le PIH fournit un financement à des « intendants » qui réalisent des activités qui protègent ou conservent les habitats des espèces désignées par le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada (COSEPAC) comme étant « en péril » à l'échelle nationale (en voie de disparition, menacées ou préoccupantes). Ces activités doivent avoir lieu sur des terres privées, le territoire domanial provincial, des terres de peuples autochtones ou dans des aires aquatiques et marines partout au Canada. Le programme encourage aussi des partenariats entre des organismes intéressés au rétablissement des espèces en péril. Comme tel, il appuie de nombreux organismes et personnes dans leurs activités conformes aux exigences du Programme national de rétablissement et de la nouvelle Loi sur les espèces en péril.

Le PIH est l'un des trois principaux programmes fédéraux de financement qui sont centrés sur la protection et le rétablissement des espèces en péril réalisés par Environnement Canada, Pêches et Océans Canada et l'Agence Parcs Canada. Les deux autres programmes fédéraux de financement agissant directement en protection et en rétablissement des espèces en péril sont le Fonds interministériel pour le rétablissement et le Fonds de rétablissement des espèces en péril.