La Conférence sur l'état de l'écosystème des Grands Lacs est organisée tous les deux ans par l'Environmental Protection Agengy des États-Unis et Environnement Canada au nom des deux pays, aux termes de l'Accord entre le Canada et les États-Unis relatif à la qualité de l'eau dans les Grands Lacs. Elle vise à favoriser l'échange d'informations sur l'écologie des Grands Lacs et des terres riveraines. Son but premier est de rejoindre un vaste public au sein du gouvernement, du secteur privé et des organisations sans but lucratif qui prennent des décisions touchant les lacs. D'autres conférences et forums permettent de partager les résultats des recherche et d'accueillir les membres du public en grand nombre.

Tenue les années paires, la conférence est le lieu d'échange d'informations provenant de sources très diverses. Durant l'année qui suit chaque conférence, les gouvernements préparent un rapport sur l'état des lacs, lequel repose en grande partie sur l'information recueillie lors de cet événement.

L'écosystème y est décrit en fonction de l'état ou de la « santé » du système vivant et de ses éléments physiques, chimiques et biologiques constitutifs. La santé humaine fait partie de ce système. La CÉÉGL est axée sur l'état de l'écosystème des Grands Lacs et sur les principaux facteurs qui l'influencent plutôt que sur les programmes de protection et de restauration du milieu naturel. L'évaluation et l'orientation de ces programmes sont examinées dans le cadre d'autres activités.

La première conférence, qui a eu lieu en 1994, portait sur l'ensemble du système et mettait particulièrement l'accent sur la santé de la communauté aquatique, la santé humaine, l'habitat aquatique, les contaminants toxiques et les éléments nutritifs présents dans l'eau, de même que sur l'économie dans la région des Grands Lacs. La conférence de 1996 portait sur les terres riveraines et les eaux les plus productives sur le plan biologique, où les répercussions des activités humaines sont particulièrement marquées. On y mettait l'accent sur les eaux littorales, les milieux humides côtiers, les terres riveraines des Grands Lacs, l'utilisation des terres, ainsi que la disponibilité et la gestion de l'information. Un document d'intégration a été préparé à l'intention des participants de chaque conférence, réunissant tous les sujets traités. De même, pour les deux conférences, on a choisi des indicateurs et, d'après les opinions d'experts, des évaluations subjectives ont été faites au sujet de l'état des lacs (p. ex., bon, passable, mauvais, etc.)

Les organisateurs de la CÉÉGL 98 appuient l'établissement d'indicateurs faciles à comprendre, qui décriraient de façon objective l'état des divers éléments de l'écosystème. Ces indicateurs seraient utilisés tous les deux ans pour informer le public et faire rapport sur les progrès accomplis dans la réalisation de l'objet de l'Accord, soit rétablir et conserver l'intégrité chimique, physique et biologique des eaux de l'écosystème du bassin des Grands Lacs.

En plus de décrire l'état du système vivant, les conférences renseignent sur les conditions sous-jacentes, reconnaissant de plus en plus que la santé de l'écosystème est fonction de trois facteurs : la perte d'habitats, la pollution et les espèces exotiques. Or, ces trois facteurs sont étroitement associés aux activités humaines.

Les indicateurs de la CÉÉGL visent à fournir une vue d'ensemble du système. Ils s'inspireront des indicateurs utilisés à des fins plus particulières comme les plans d'aménagement panlacustre ou les plans d'assainissement mis en oeuvre dans les secteurs préoccupants.

Lors de la conférence de 1996, on a aussi commencé à faire rapport sur les zones écologiques qui renferment des concentrations inhabituelles de biodiversité, désignées sous le nom de « zones d'investissement ». Ce concept, contenu dans le document sur les terres riveraines, sera étendu aux milieux humides côtiers et les milieux aquatiques en 1998.