Bien que l'Acte de l'Amérique du Nord britannique, 1867 (connu aujourd'hui sous le titre de Loi constitutionnelle de 1867) n'ait pas établi de tribunaux particuliers lors de la formation du Canada, l'article 101 de cet acte autorisait le Parlement du Canada à créer une «cour générale d'appel pour le Canada» et «des tribunaux additionnels pour la meilleure administration des lois du Canada». La Cour suprême du Canada et la Cour de l'Échiquier du Canada ont donc été, en vertu de cet article, créées par l'adoption de lois distinctes en 1875. Les décisions rendues par la Cour de l'Échiquier pouvaient alors être portées en appel non seulement à la Cour suprême mais en dernier ressort, et ce jusqu'en 1949 lorsque cet ultime appel a été aboli, au Comité judiciaire du Conseil privé du Royaume-Uni.

Il est entendu que les «lois du Canada» sont les lois adoptées par le Parlement du Canada et non celles votées par les provinces.

Au début, la compétence exclusive de la Cour de l'Échiquier se limitait aux actions contre le gouvernement fédéral en matière de revenu. Elle avait aussi une compétence concurrente à celle des cours provinciales pour ce qui est des procédures que le gouvernement intentait dans le but de faire respecter une loi fédérale en matière de revenu ou dans les affaires ayant trait à une action civile reconnue par la common law ou par l'«equity».

La compétence de la Cour de l'Échiquier s'est graduellement étendue et elle a connu aussi d'autres modifications. Au cours de ses vingt-cinq premières années seulement, son pouvoir s'était étendu aux questions d'amirauté, aux poursuites opposant des citoyens au sujet de la propriété intellectuelle notamment les brevets d'invention et les marques de commerce et aux affaires d'impôt et de citoyenneté. Elle s'était aussi acquise une compétence exclusive en ce qui concerne tous les litiges intentés contre le gouvernement fédéral.

On sait qu'en 1887, pour la première fois, le gouvernement faisait l'objet de poursuites à cause de la négligence de ses préposés. En devenant de plus en plus responsable envers le citoyen, le gouvernement perdait peu à peu son immunité alors que le citoyen voyait le nombre de recours auxquels il pouvait avoir accès augmenté, jusqu'au jour où en 1952, par l'adoption de la Loi sur la responsabilité de la Couronne, le gouvernement se retrouvait, dans le cas d'un acte délictuel, dans la même position que le citoyen. C'est aussi à cette époque que la Cour de l'Échiquier perdait un peu de sa compétence exclusive en ce qu'il devenait possible de poursuivre le gouvernement devant une cour provinciale pour dommages n'excédant pas mille dollars.

Par la suite, soit en 1960, on lui conférait une compétence non exclusive à titre de cour supérieure de juridiction criminelle en l'habilitant à juger certaines infractions prévues dans la Loi relative aux enquêtes sur les coalitions.

En vertu de la Loi sur la Cour fédérale, la compétence appartenant à la Cour de l'Échiquier a été attribuée à la Cour fédérale du Canada et a été rendue plus vaste. L'ajout le plus important à cette compétence est le droit de la Cour de contrôler les décisions des offices fédéraux. Grâce à la nouvelle Loi, la Cour fédérale a aussi qualité pour entendre les affaires en matière d'aéronautique, les différends interprovinciaux et les affaires relatives aux lettres de change et aux billets où la Couronne est partie.

L'entrée en vigueur des modifications à la Loi sur la Cour fédérale le 1^er février 1992 a aussi entraîné d'importants changements. Les parties qui intentent des poursuites contre la Couronne n'ont plus à le faire devant la Cour fédérale; elles ont désormais la possibilité de saisir certains tribunaux provinciaux, et la compétence exclusive de la Section de première instance n'a été maintenue que dans les cas où les lois fédérales le prévoient expressément. En outre, on a revu et simplifié les procédures applicables au contrôle judiciaire en établissant que la compétence, en première instance, appartient à la Section de première instance, à l'exception des décisions rendues par les tribunaux précis pour lesquelles le contrôle judiciaire revient à la Cour d'appel.

En plus du contrôle judiciaire, la Cour fédérale du Canada s’est vue conférer une compétence générale, notamment la Couronne, les affaires relatives tant à l’immigration, la citoyenneté, l’amirauté, les douanes, la propriété intellectuelle, l’impôt sur le revenu, les relations de travail, le transport et les communications que les libérations conditionnelles et les pénitenciers; la Cour exerce en outre une compétence limitée en matière criminelle.

Aujourd’hui, les Cours fédérales, à savoir la Cour d’appel fédérale et la Cour fédérale possèdent sensiblement la même compétence que les anciennes sections de la Cour fédérale du Canada. Elles ont été maintenues à titre de tribunaux de droit, d’équité et d’amirauté, et continuent d’être des cours supérieures d’archives ayant compétence en matière civile et pénale.