L’Herbier national de mycologie

• Contexte
• Utilité de l’Herbier national de mycologie
• Lien vers le Service d'identification fongique

Contexte :

L’Herbier national de mycologie / National Mycological Herbarium , avec plus de 300 000 spécimens de champignons incluant les exsiccatas, constitue le plus grand herbier mycologique du Canada. Répertorié dans l'Index Herbariorum, il est connu à l’échelle internationale sous l'acronyme DAOM pour Département d'Agriculture, Ottawa Mycologie.

Les champignons, bactéries, virus, nématodes et mycoplasmes sont responsables de la plupart des maladies des plantes, mais c’est chez les champignons que l'on retrouve le plus grand nombre d'organismes parasites. Possédant peu de caractères morphologiques distinctifs, ils sont souvent difficiles à identifier. Les nouvelles technologies moléculaires d’amplification, de séquencage d’ADN et d’analyse cladistique viennent à la rescousse des taxonomistes mais l’élément de référence de base demeure toujours le spécimen de référence déposé à l’herbier. DAOM, fondé par H.T. Güssow qui fut de1909 à 1920, le premier botaniste officiel du Dominion, consistait alors en une collection de référence, utilisée pour l’identification des champignons parasites observés sur les plantes importées ou cultivées au Canada. Güssow fut le premier à détecter à Terre-Neuve en 1909, la tumeur verruqueuse de la pomme de terre, causée par Synchytrium endobioticum ce qui l’amena à participer en 1910 à la rédaction de la Loi sur les insectes destructeurs et les ennemis des plantes, un document modèle pour la protection des ressources naturelles et agricoles du Canada. Conscient de la nécessité de se munir de riches collections pour procéder efficacement à l’identification des champignons, il échangea, dès 1920, avec la collaboration de J.B. Ellis, célèbre mycologue américain, nombre de spécimens de champignons parasites du feuillage. Il acquiert, par l’intermédiaire de C.L. Shear du département de l’Agriculture des États-Unis (USDA), plusieurs jeux d’exsiccatas,. (double d'une collection de spécimens numérotés, distribué à plusieurs herbiers sous la forme de fascicules de 100 spécimens accompagnés d'une liste publiée, le tout dans le but de faciliter la normalisation des noms d'espèces utilisés). Parallèlement, Güssow développe un programme d’échange de spécimens, notamment avec USDA. En 1920, pathologie forestière et phytopathologie relevaient du même ministère et les acquisitions respectives faisaient de l’herbier DAOM un des grands centres d’expertise mycologique d’Amérique du Nord pour les champignons d’importance agricole et forestière. En 1929, Ibra Conners, transféré de Winnipeg, devint conservateur de l’Herbier national de mycologie et compilateur officiel de l’« Enquête phytosanitaire nationale » (EPN). La visite de plusieurs herbiers américains l?inspirèrent pour l’organisation de DAOM. À titre d'éditeur et de compilateur de l’EPN’ Conners a instauré la pratique du rejet des mentions de parasites ne provenant pas de l’aire connue de la maladie ou les mentions d’hôte végétal nouveau non accompagnées d'un spécimen. Ces normes rigoureuses et la qualité des recherches poursuivies ont assuré la crédibilité et la notoriété de DAOM et le prestige de l’EPN.

Depuis les années 30, Agriculture et Agroalimentaire Canada a toujours maintenu à Ottawa une section systématique chargée d’identifier et de compiler les données taxonomiques en mycologie. Des spécimens, récoltés sur le territoire canadien et aux ports d’entrée, isolés d’une variété de produits sont régulièrement identifiés et déposés à l’herbier. L’échange de spécimens avec divers pays partenaires enrichit régulièrement la collection qui compte actuellement plus de 300 000 spécimens dont des milliers de spécimens types et les collections personnelles d'éminents chercheurs tels que : J.W. Groves, J.A. Parmelee, D.B.O. Savile, A.W. McCallam, I. Mounce, R. Macrae, M. Nobles, S.J. Hughes, K.A. Pirozynski, R. Arnold, M. Elliott, R.A. Shoemaker, J. Ginns, L.K. Weresub et D.J.S. Barr. ainsi que des collections partielles de W.B. Kendrick et de D.W. Malloch. Des dons et des échanges ont permis à DAOM d’acquérir les importantes collections de G.R. Bisby et A.H.R. Buller (champignons du Manitoba), G.D. Darker (collection personnelle avec spécimens types), W.L. Gordon, W. Jones, M. Larsen et R.F. Cain (doubles de collections personnelles), A. Melderis (champignons de Suède), W.D. Sutton (champignons du Canada), L.E. Wehmeyer (herbier personnel avec spécimens types), K.A. Harrison (herbier de la Station de recherches de Kentville et spécimens types d’hydnacées), H.J. Brodie (herbier personnel et spécimens types de nidulariacées) et M.E. Barr (champignons de C.-B.). On a également confié à DAOM la conservation de l’herbier John Dearness, riche de centaines de spécimens types de phytoparasites. Après Ibra Conners, les conservateurs de l’Herbier furent Doug Savile (1954-1967), Jack Parmelee (1967-1987), Jim Ginns (1987-1997) et Scott Redhead (depuis 1997).

Le service d’inspection des plantes aux ports d’entrée et le contrôle phytosanitaire relèvent de l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA) (ancienne Direction générale de l’inspection des aliments) et de certains centres régionaux. L’Herbier national de mycologie est le centre principal de dépôt des spécimens fongiques, phytoparasites, exotiques et indigènes. L’ACIA utilise les services des experts de DAOM et déposent dans cet herbier les échantillons prélevés lors d'inspection. L’herbier DAOM et la Collection canadienne de cultures fongiques (CCCF) constituent les pierres angulaires de la recherche en systématique des champignons et de leur biodiversité.

Utilité de l’Herbier national de mycologie :

1. Publication et mise à jour du Compendium des maladies des plantes et des champignons de la carie au Canada source majeure d'information, cet ouvrage est consulté par les phytopathologistes, chercheurs, universitaires et organismes de protection du Canada et des États-Unis.
    
2. Spécimens et exsiccatas de l’herbier ont permis d’élucider le statut d’espèces rares et leur distribution dans les forêts anciennes. De telles investigations confèrent au CRECO une forte crédibilité lors de litiges concernant des sites naturels controversés.
    
3. L’ACIA utilise l’herbier pour identifier les organismes prélevés lors d’inspections et confirmer la présence de parasites. La récente découverte d’une carie du blé, associée à la carie de Karnal, a évité la quarantaine à un envoi de céréales canadiennes. La certification phytosanitaire est cruciale pour l'industrie horticole et maraîchère et les ressources de l’herbier facilitent l’évaluation des risques. La collection facilite l’identification d’organismes utilisés pour justifier les barrières commerciales non tarifaire. Récemment, la démonstration de la non pathogénité d'un champignon a permis la reprise du commerce des produits forestiers entre deux provinces.
    
4. L’herbier et l’accès à des ouvrages de référence facilitent aux chercheurs le service à la clientèle. La grande variabilité morphologique observée chez les champignons complique grandement le travail d'identification. L’intoxication par des champignons vénéneux nécessite une identification rapide et un herbier bien garni devient alors un outil indispensable.
    
5. L’herbier prête et échange des spécimens au Canada comme à l'étranger. L’acronyme DAOM est cité dans des centaines de publications scientifiques internationales en référence aux spécimens de l’herbier. Cette notoriété a d’ailleurs incité d’éminents mycologues, dont Bisby, Dearness, Russel, Gordon et Brodie, à faire don de leur matériel de recherche à l’herbier.
    
6. Témoin à la fois physique et historique de l’existence et de la distribution des espèces, la finalisation de l’inventaire électronique de DAOM accélèrera la recherche en biodiversité et la mise à jour de bases de données internationales. La pratique des technologies moléculaires sur d’anciens spécimens permettra de confirmer leur identité et mieux définir la notion d’espèce. DAOM héberge plusieurs centaines de spécimens-types, références de base pour la description d'espèces.