La Direction des partenariats gère certains des programmes centraux des IRSC:
Le programme de Partenariats pour l'amélioration du système de santé (PASS) vise à produire des données de grande qualité en temps utile qui auront des effets positifs à court terme sur le système de santé canadien dans les domaines prioritaires de la recherche appliquée sur les services et les politiques de santé.
Le Programme de partenariat avec les petits organismes de santé (PPPOS) est conçu afin de favoriser les possibilités de partenariat avec les petits organismes de bienfaisance dans le domaine de la santé et les organismes sans but lucratif dont les capacités de financement de la recherche sont modestes en cofinançant des bourses salariales et de formation.
Le Programme de partenariats régionaux permet de collaborer avec les petites provinces pour verser une contrepartie des fonds disponibles pour la recherche en santé. Les IRSC et leurs partenaires fédéraux, provinciaux et territoriaux collaborent et s'engagent de façon créative à consolider l'entreprise de recherche en santé du Canada.
Il existe d'autres façons d'établir des partenariats, soit en établissant des collaborations avec les Instituts, ou encore avec les Programmes innovation et industrie des IRSC.