L'esprit de partenariat est un principe fondamental des IRSC. Comme tous les autres instituts des IRSC, l'IMII recherche activement des possibilités de travailler avec d'autres organismes qui s'intéressent à la recherche sur les maladies infectieuses et immunitaires. L'IMII établit des partenariats novateurs dans toute la gamme de ses activités - de l'établissement des priorités de recherche au financement de la recherche et à la mise en application de ses résultats.
Les partenariats de l'IMII permettent d'offrir des contributions financières et des contributions non financières; celles-ci peuvent inclure l'accès à des réseaux professionnels, à des domaines de compétence, au partage de méthodes et de documentation et à des ressources en nature. Les organismes partenaires sont entre autres d'autres instituts des IRSC, des ministères et des organismes provinciaux, fédéraux et internationaux, des organismes bénévoles de la santé et l'industrie. Quelle que soit l'organisation et quelle que soit la contribution, les partenariats de l'IMII sont de vraies collaborations axées sur des buts communs et un désir d'améliorer la santé et la qualité de vie des personnes.
L'approche de l'IMII à l'égard des partenariats a donné lieu à d'exceptionnels projets multidisciplinaires, notamment l'Initiative sur la salubrité des aliments et de l'eau et l'Initiative de recherche sur l'hépatite C de Santé Canada et des IRSC. Les deux projets sont généralement considérés comme d'excellents exemples du rôle des instituts des IRSC dans le changement de la nature de la recherche collaborative par le partenariat. La section Réalisations récentes de l'IMII renferme des exemples supplémentaires de partenariats réussis.