L'Agence est dirigée par un chef de la direction qui rend compte de ses activités au sous-ministre adjoint (Infrastructure et environnement). L'orientation et les conseils de niveau supérieur sont fournis à l'ALFC par l'entremise d'un conseil du logement. Ce conseil est dirigé par les personnes suivantes :

• Le sous-ministre adjoint (SMA(IE), Infrastructure et environnement); et par
• Le sous-ministre adjoint (SMA(RH-Mil), Ressources humaines – Militaires).

La structure organisationnelle de l'ALFC est conforme à la nature de son mandat et de ses activités. Les clients de l'ALFC, c'est-à-dire les familles des membres des FC qui vivent dans des logements militaires, sont disséminés un peu partout au Canada. C'est pour cette raison que l'ALFC est une organisation relativement horizontale. En d'autres mots, ses Bureaux de gestion des logements (BGL) se trouvent dans 26 bases et escadres à l'échelle du Canada et ils relèvent directement d'un siège social situé à Ottawa. En somme, ce dernier répartit directement les responsabilités et aide les Bureaux à respecter des normes nationales. Il donne également des moyens d'agir au personnel pour que ce dernier soit apte et prompt à régler des problèmes locaux en matière de logement.

Le bureau du chef de la direction, reçoit l'appui des services exécutifs, d'un contrôleur et de trois directeurs généraux:

• Services exécutifs – Responsable de fournir avis et soutien au chef de la direction dans les domaines de Liaison en matière de défense, Politique et planification ministérielles, Communication et Administration
• Directeur général, Gestion des logements – Responsable du personnel des bureaux de gestion des logements, de la réparation et de l'entretien des logements, des Services techniques et des Services à la clientèle.
• Directeur général, Infrastructure & Services techniques – Responsable de la Planification à long terme, de la rationalisation et de la reconfiguration du portefeuille des logements, afin de répondre aux besoins en évolution constante des Forces canadiennes.
• Contrôleur – Responsable des Programmes de gestion financière, ainsi que de la fonction de vérification
• Directeur général, Services intégrés – Responsable des fonctions de l'Administration, des Ressources humaines et des Services d'information