Initiatives stratégiques des Instituts : Chaque institut reçoit un financement annuel qui lui permet d'appuyer ses initiatives stratégiques en matière de recherche sur la santé, d'application des connaissances et de renforcement des capacités dans son secteur scientifique particulier. Ce financement se traduit par l'octroi de bourses et de subventions évaluées par les pairs dans les domaines d'activités propres à chaque institut.
Subvention d'appui aux instituts : Chaque institut reçoit annuellement une subvention d'appui d'une valeur de un million $. Cette subvention permet de veiller au bon fonctionnement de chacun des instituts et au perfectionnement des capacités de recherche et d'application des connaissances au sein de la collectivité scientifique qu'il représente par le biais d'un vaste éventail d'activités.
Le budget général des IRSC soutient d'autres initiatives stratégiques ainsi que des projets de recherche menée sur l'initiative des chercheurs, principalement par le biais de bourses du personnel et de subventions de fonctionnement. Formé du président des IRSC et des directeurs scientifiques de chacun des treize instituts, le Comité des priorités de recherche et de la planification des IRSC prend les décisions relatives aux priorités en matière de recherche et présente au Conseil d'administration des recommandations sur la répartition appropriée des ressources.