Essentielle au mieux-être de la population entière, la protection des ressources animales fait partie intégrante de l'approvisionnement alimentaire canadien. Les programmes relatifs à la santé des animaux et aux systèmes de production de l'ACIA jouent un rôle important dans l'atténuation et la gestion des risques en protégeant les animaux du Canada (les animaux d'élevage comme les espèces sauvages et aquatiques) contre les maladies réglementées et les menaces délibérées dont font l'objet les ressources animales.
L'Agence canadienne d'inspection des aliments élabore et offre des programmes et des services destinés à protéger les ressources agricoles et aquacoles du Canada.