L'Agence canadienne d'inspection des aliments joue un rôle important en matière de protection des animaux utilisés pour la production d'aliments. La responsabilité de l'Agence par rapport à la protection des animaux de ferme repose, par ailleurs, sur des données scientifiques et vise à refléter les comportements sociaux contemporains. Elle se rapporte à deux domaines distincts du mandat de l'Agence : le transport et l'abattage.