Le CCME a l'avantage de s'attaquer aux dossiers dont personne d'autre ne peut s'occuper, auxquels il peut apporter une contribution unique ou pour lesquels il est tout particulièrement qualifié. Le CCME ne fait pas double emploi avec les travaux d'autres organismes. Les travaux au programme du CCME doivent être de nature pancanadienne et intergouvernementale, en plus de présenter de l'intérêt pour une part importante des gouvernements membres du CCME. Pour canaliser ses ressources et faire de véritables progrès, le CCME n'inscrit qu'un petit nombre de dossiers à son programme chaque année.

Les priorités stratégiques actuelles du CCME sont les suivantes :

• Favoriser la coopération intergouvernementale en matière d'atténuation des changements climatiques et d'adaptation à ces changements.
• Élaborer et mettre en œuvre le Système de gestion de la qualité de l'air.
• Mettre en œuvre une vision pour l'eau à assurer que les Canadiens ont accès à de l'eau saine et sûre en quantité suffisante pour répondre à leurs besoins par des moyens qui maintiennent également l'intégrité des écosystèmes.
• Élaborer de données, d'outils, et de bonnes pratiques à aider de réduction et de recyclage des matières résiduelles.
• Accroître la capacité des autorités compétentes à assurer la gestion des lieux contaminés.

Le CCME poursuit également un large éventail d'autres projets d'importance; il s'emploie notamment :

• à produire des rapports sur les standards pancanadiens;
• à suivre la mise en œuvre de la Stratégie pancanadienne sur les effluents d'eaux usées municipales.